در این بخش کلیه نمونه های غذایی،‌آشامیدنی، آرایشی و بهداشتی که توسط اداره نظارت بر مواد غذایی و آشامیدنی سراسر کشور و نمونه های جمع آوری شده از سطح عرضه و فروش توسط واحدهای بهداشت محیط یا نمونه های شخصی پس از کد گذاری جهت انجام کار به بخشهای مربوطه ارسال می گردد همچنین وظیفه جمع آوری پاسخ از بخشها و هماهنگی جهت تهیه پاسخ به عهده این واحد می باشد

- بخش میکروب شناسی
در این بخش کلیه نمونه هایی که به آزمایشگاه کنترل مواد غذایی، آرایشی، بهداشتی وارد می شوند و نیاز به آزمون میکروبی دارند مانند نمونه های آرایشی،‌ بهداشتی، غذایی، آشامیدنی و ضد عفونی کننده ها مورد آزمایش قرار می گیرند.کلیه آزمونها مطابق با استانداردهای موجود و روشهای معتبر پایه ریزی شده است.در این بخش ۲ نفر کارشناس مسئول بخش در حال انجام وظیفه می باشند.

- بخش میوه و سبزیجات
در این بخش فرآورده های میوه و سبزی، سبزی های بسته بندی شده، آبمیوه، کنسانتره، خشکبار، کنسرو سبزیجات و کمپوتها، مواد اولیه در تهیه و تولید آبمیوه، لواشک و فراورده های غذائی مرتبط با میوه جات مورد آزمایش قرار می گیرد. در این بخش یک نفر کارشناس مسئول مشغول بکار می باشند.

- بخش لبنیات
در این بخش شیرخشک، شیر خشک صنعتی، پودر پنیر، پودر آب پنیر، بستنی ، شیر بسته بندی و فرآوری شده، خامه ،‌پنیر ، پنیر پیتزا، دوغ، ماست و کلیه فرآورده های لبنی مورد آزمایش قرار می گیرند.در این بخش یک نفر کارشناس مسئول مشغول بکار می باشند.

- بخش رنگ
وظیفه اصلی این بخش شناسائی و جستجوی رنگها در فرآورده های خوراکی، آشامیدنی، آرایشی، بهداشتی می باشد. ارزیابی مواد اولیه وارداتی و جستجوی رنگهای غیر خوراکی در فرآورده های خوراکی که بعنوان تقلب استفاده می شود از وظایف این بخش می باشد.

- بخش بسته بندی و ظروف
در این بخش بسته بندی مواد غذایی مانند بسته بندی های سلولزی، فلزی، شیشه ای، پلیمری، کاغذی ، فیلم، فیلم های چند لایه مقوا،‌مواد اولیه لاک و PET که جهت بسته بندی مواد غذایی، آشامیدنی، آرایشی، بهداشتی مورد مصرف قرار می گیرند آزمایش می گردد. این بخش دارای یک نفر کارشناس مسئول می باشد

- بخش روغنها و چربی ها
در این بخش روغنهای خوراکی وجامد و مایع، آفتابگردان، سویا، ذرت، پنبه دانه، کره، مارگارین مورد آزمایش قرار می گیرند. در این بخش یک نفر کارشناس مسئول وجود دارد.

- بخش گوشت و فرآورده های پروتئینی
در این بخش فرآورده های گوشتی، مرغ و ماهی، تخم مرغ، منابع گوشتی، کنسروهای گوشتی، همبرگر، سوسیس، کالباس و .... مورد آزمایش قرار می گیرند. در این بخش یک نفر کارشناس مسئول وجود دارد.

- بخش غلات
در این بخش غلات، فرآورده های غلات، حبوبات، شامل دانه های غلات، ماکارونی، کیک، کلوچه، چیپس، پفک، رشته، نشاسته،چوب شور، بیسکویت، غذای کودک، بهبود دهنده های شیرینی ، پیراشکی، خمیر پیتزا، آرد، ارد نخودچی، آرد سوخاری و سوپهای آماده مورد آزمایش قرار می گیرند. در این بخش یک نفر کارشناس مسئول وجود دارد.

- بخش مشروبات الکلی
در این بخش کلیه مایعات مشکوک به مشروب الکلی که توسط عوامل نیروی انتظامی توقیف می شود از نظر میزان درجه الکلی و سکر آوردن بودن مورد آزمایش قرار می گیرند.در این بخش یک نفر کارشناس مسئول وجود دارد.

- بخش میکروبی آب
در این بخش آب های بسته بندی و آب چاه و چشمه هایی که جهت فرآیند بسته بندی مورد استفاده قرار خواهند گرفت مورد آزمایش قرار می گیرد در این بخش یک نفر کارشناس مسئول وجود دارد. 

- بخش مواد قندی
در این بخش کلیه مواد قندی مانند پولک، نبات، آب نبات، شکلات، عسل، شربتها، مربا و ترکیبات شیرین مورد آزمایش قرار گرفته و با استانداردهای مربوطه مطابقت داده می شوند. در این بخش دو نفر کارشناس مسئول مشغول بکار می باشند.